Om ikke en direkte konverterer fra AXL til .map, så om du har ArcMap views (alle lag i viewet) kan du kanskje bruke
http://arcscripts.esri.com/details.asp?dbid=12766 scriptet skriver til både AXL og Mapserver.
http://msconsole.sourceforge.net/ er et java-program som sier de kan konvertere rett fra AXL til Mapserver-filer.
Krever Java og Ant (for bygging).
Har ikke prøvd de selv - så jeg gir ingen garantier

Mvh
Bjørn Ove